Las personas de mayor edad en esta región de Oaxaca, cuentan que los orígenes de este asentamiento precolombino, se remontan al año 400 antes de Cristo.
Con el paso del tiempo, Huamelulpam llegó a ser un relevante centro urbano hasta el año 800 de nuestra era.
En sus etapas más tempranas, Huamelulpam y los centros mixtecos más importantes sostuvieron vinculos un tanto complejos y variables con el valle de Oaxaca y en especial con la gran Monte Albán.Por el año 200 después de Cristo, unos cuantos centros de la Mixteca padecieron un abandono total o parcial, y entre el 400 y el 800 después de nuestra era, hubo otro periodo de esplendor en el que Huamelulpam dejó de tener relaciones con Monte Albán y se orientó más hacia los asentamientos de la Mixteca Baja.
Fue en este tiempo en el que floreció la cultura Ñuiñe de la Mixteca Baja.
Para el periodo Posclásico, Huamelulpam ya estaba abandonado y solo se utilizaban algunas de sus estructuras para fines ceremoniales y funerarios.